Kostel sv. Jakuba v Boršově nad Vltavou je jednolodní kostel s pravoúhlým kněžištěm sklenutým dvěma poli křížové žebrové klenby má po severní straně valeně klenutou sakristii, nad sakristií je přistavěna oratoř. Pozdně gotická věž s dlátkovou střechou je přistavěna v ose k západnímu průčelí.


Loď kostela je ze 14. století, 1493 -1496 přestavba kostela a přístavba věže. Z počátku 16. století je malba sv. Kryštofa v lodi. V roce 1735 byla snížena střecha, v letech 1771 – 1780 přistavěna kruchta, v roce 1823 oratoř, v roce  1834  severní předsíň lodi. v roce 1943 byly nalezeny malby v presbytáři, v roce 1955 bylo postaveno nové schodiště na kruchtu. V letech 1958 – 1959 proběhla  generální oprava, v roce 1991 byl vymalován interiér.


Dokladem architektury krásného slohu na jihu Čech je presbytář s figurálními konzolami a svorníky křížové klenby, sanktuář a západní portál lodi. V kněžišti se zachovaly významné nástěnné malby z počátku 15. století – Bolestný Kristus, (polo) postavy světců na jižní stěně a postavy apoštolů na severní stěně. Další stavební fáze z konce 15. století patří k zajímavým projevům jihočeské pozdně gotické architektury na rožmberském dominiu.


Tato etapa není hodnotná ani tak náročností provedení, jako především zachováním původních omítek a řady autentických letopočtů, které přesně určují formálně nepříliš náročné stavební prvky – západní věž (dat.1493), jižní průčelí lodi (dat.1496) a velký zvon ve věži (1494), severní portál sakristie a severní portál lodi. Počátkem 16. století byl na jižní stěně lodi namalován monumentální obraz sv. Kryštofa, který se svými rozměry a mírou zachování řadí po bok starších nástěnných maleb sv. Kryštofa v klášterním kostele Nanebevzetí Panny Marie v Českých Budějovicích a v bývalém klášterním kostele sv. Jiljí v Třeboni. Nevelké, avšak v rámci celku neméně významné byly také barokní úpravy – kruchta lodi a úpravy v 19. století – severní předsíň lodi a oratoř v patře nad sakristií. Architektura kostela má hodnotu především jako celek včetně původního hřbitova s dochovanou kamennou zdí.