Pozdně-gotický kostel sv. Jakuba Většího se nachází v Prachaticích na Kostelním náměstí, mezi Velkým náměstím a Dolní, tzv. Píseckou bránou. Patří mezi nejvýznamnější a nejstarší prachatické památky. Jeho vlastníkem je Římskokatolická farnost Prachatice. Zasvěcen je sv. Jakubovi Většímu, patronu kupců, obchodníků, poutníků, nosičů nákladů a sirotků. Volba patrona byla dána umístěním města na obchodní Zlaté stezce, po které z Pasova do Prachatic přicházeli soumaři a kupci.


Kostel je trojlodní s pětiboce uzavřeným presbytářem se sakristiemi po obou stranách a navíc kaplí sv. Jana N. Neumanna (dříve sv. Barbory, původně sv. Kříže) při straně jižní. Na západní straně kostela jsou dvě hranolovité věže, z nichž vyšší jižní dosahuje 53 m a obsahuje 6 pater. Vrcholí krytým ochozem předstupujícím na krakorcích. Mohutný vzhled kostela dotváří vysoká, po stranách zvalbená střecha s 1500 m2 prejzové krytiny. Krov střechy je mistrovským tesařským dílem. Vyniká lehkou konstrukcí a důmyslnou vazbou bez jediného kovového prvku. Odborný průzkum v roce 2002 prokázal, že krov je ze dřeva káceného v letech 1474 – 1475.


K výstavbě kostela bylo přistoupeno v návaznosti na založení nové obchodní osady na Zlaté stezce nedaleko Starých Prachatic na přelomu 13. a 14. století, které český král Jan Lucemburský daroval roku 1323 městská práva. Stavba tedy v první polovině 14. století navázala na založení města. Nejstarší doklad o existenci kostela je z roku 1359. Chrám vznikal postupně, nejdříve presbytář ve druhé polovině 14. století, po roce 1410 započala výstavba trojlodí, kterou přerušily husitské války, okolo roku 1411 následovala postranní kaple sv. Kříže, poté výstavba dvou věží v průčelí a teprve v období pozdní gotiky bylo na konci 15. století dokončeno trojlodí.


Výslednou podobu kostel získal v letech 1505 až 1513. Roku 1507 shořely při velkém požáru města, který neušetřil ani kostel, obě věže, přičemž původní zvony v nich se roztavily. Krov lodi naštěstí požár vydržel. Obnova kostela po požáru skončila zřejmě okolo roku 1516, ze kterého pochází nástěnná malba Ukřižování Krista na venkovní východní stěně presbytáře. Nižší severní věž byla po požáru zakryta současnou střechou na nízkém krovu, když původně byla ukončena hruškovitou dřevěnou bání. V 16. století byla hlavní věž kostela osazena hodinami. Po velkém požáru města roku 1832 byla vyšší věž upravena do současné podoby, neboť původní báň byla nahrazena lucernou s plechovou krytinou, dostala tudíž vzhled minaretu.


Stavební historie chrámu je tedy velmi komplikovaná, zejména pro časté přerušování stavby různými událostmi, včetně dobytí města husity v roce 1420 a několika požárů. V severní sakristii údajně husité v roce 1420 upálili 85 prachatických měšťanů.


Severní (nižší) věž kostela je zcela nahoře osazena dvěma zvony. Jedná se o největší zvon kostela, renesanční sv. Jakub z roku 1521 od mistra Bartoloměje z Nového města Pražského (zavěšen v září 1522). Jeho dolní průměr činí 138 cm, výška cca 100 cm a hmotnost přibližně 2000 kg. Dále malý zvon z roku 1943 se spodním průměrem cca 30 cm, výškou cca 26 cm a hmotností cca 30 kg. Vyšší, veřejnosti zpřístupněná, jižní věž je osazena renesančním zvonem Salve rovněž z roku 1521 od mistra Bartoloměje (zavěšeným také v září 1522). Dolní průměr cca 83,5 cm, výška 63,5 cm a hmotnost cca 400 - 450 kg. V jižní věži původně visel rovněž zvon Poledník pravděpodobně z roku 1570 (cca 600 kg), který byl za druhé světové války, v roce 1942, rekvírován, spolu s tzv. soumarským zvonkem ze 14. či 15. století, kterým se zvonívalo o 10. hodině večerní na znamení uzavírání městských bran a který byl zavěšen v okně jižní věže. V malé, sanktusové, vížce na východním vrcholu střechy hlavní lodi je zavěšen malý zvon - umíráček.


Trojlodí kostela je zaklenuto síťovou klenbou, v hlavní lodi se složitě hvězdicově komponovanými žebry a jednodušší síťovou klenbou bočních lodí. Na vítězném oblouku jsou vymalovány znak města Prachatice, rožmberský erb a znak bádenský a brunšvický (znak první a třetí manželky Viléma z Rožmberka). Zde je rovněž namalován letopočet 1500, pravděpodobně připomínající dokončení chrámu.


Hlavní oltář je barokní z roku 1653, zhotovený kašperskohorským řezbářem Janem Webrem, přičemž v něm jsou použity i některé části ze staršího gotického oltáře. Na oltáři je ztvárněn patron kostela, sv. Jakub Větší, a nad ním z mrtvých vstanuvší Kristus, sv. Kateřina a sv. Barbora. Vpravo od hlavního oltáře je oltář Krista trpitele od řezbáře Jindřicha Webera z roku 1754, u vchodu do pravé lodi je pozdně renesanční polychromovaný reliéf Bičování Krista z roku 1516. Z roku 1508 pochází velmi cenný kamenný sanktuář s nárožní soškou sv. Václava a s reliéfy Zvěstování, Narození a Klanění tří králů na spodní části.

K důkladné opravě kostela došlo v letech 1936 - 1938. V roce 1992 byla provedena kompletní oprava pláště kostela a při této příležitosti byla v kostele z původní kaple sv. Barbory zřízena kaple prachatického rodáka Jana Nepomuka Neumanna, která byla vysvěcena v prosinci 1993 a je přístupná z pravé lodi. Kaple je bohatě vyzdobena sgrafity, umístěna je v ní barokní polychromovaná dřevořezba Panny Marie, která původně tvořila ústřední postavu hlavního oltáře kostela. V letech 2006 - 2008 proběhla generální oprava velkých varhan z roku 1930 a v červnu 2006 byla turisticky zpřístupněna jižní vyšší věž, poskytující výhled nejen na historické jádro města. V podstřešním prostoru přístupném v rámci jižní věže je trvale vystaven původní hodinový stroj kostela.