Hřbitovní kostel sv. Klimenta stojí v předpolí hradu Prácheň, resp. v areálu někdejšího prácheňského přemyslovského hradiště. Jedná se o raně gotický zděný kostel, který byl postaven v první třetině 14. století. Kostel je jednolodní stavba s převýšeným pětiboce ukončeným presbytářem s opěráky, přilehlou sakristií a novogotickou předsíní na jižní straně lodi.


Nejstarší dochovanou částí stavby je zcela v hypotetické rovině obvodové zdivo lodi, pocházející možná ještě ze 13. století. Společný se zdivem lodi může být vítězný oblouk a také oba štíty. Dnešní presbytář nahradil v celém rozsahu starší stavbu. Současně byly stavěny asi i opěráky a klenba. Tloušťka obvodových zdí presbytáře je jen kolem 80 cm, tedy ještě menší než u stěn lodi. K výstavbě presbytáře došlo snad ve 2. polovině 14. století. Podobu špalet a záklenky oken určila úprava v 19. století. Stavba sakristie asi spadá do jedné fáze s presbytářem, soudě podle jednotného charakteru klenby; soudobé možná i štíty. Letopočet 1594 odkrytý na severní stěně presbytáře může souviset s nějakou opravou omítek. Rámcově do 2. poloviny 16. století můžeme zařadit krov lodi a presbytáře. Pro stavbu krovu presbytáře byl nadezděný štít nad vítězným obloukem, jehož vrchol se tak ocitl nad hřebenem střechy lodi.


V nadezdívce byly použity keramické tvarovky neznámého původu (snad klenební žebra). Od počátku asi byla součástí krovu lodi věžička. Výškový rozdíl v hřebeni obou střech a věžičku zachycuje i Willenbergova veduta města Horažďovic z počátku 17. století. Drobné úpravy objektu proběhly snad v 18. století. Jde o prolomení nových oken lodi a sakristie a úpravu ostění vstupu z presbytáře do sakristie. Jižní portál mohl vzniknout úpravou staršího vchodu. Snad v 1. polovině 19. století byl provedený nový strop lodi, koruna stěn lodi a presbytáře upravena jednoduchou římsou. Až do roku 1859 klade literatura výstavbu předsíně (soudobá klenba, štít i vstup). Tento letopočet by neodporoval možné úpravě oken presbytáře (rozšíření). V letech 1938-40 provedena oprava kostela. Alespoň severní část ohradní zdi by mohla být minimálně barokní. Snad ve 2. polovině 19. století došlo k rozšíření hřbitova jižním směrem a postavení vstupních bran.


Interiér byl postupně barokně upravován. Podle legendy se jedná o devátý křesťanský kostelík v Čechách, vysvěcený samotným Metodějem. Kolem kostela svatého Klimenta stála kdysi stejnojmenná ves Prácheň, která vznikla zřejmě současně s hradištěm na Práchni. Na prácheňském hřbitově je pohřben spisovatel Josef Pavel a regionální historik Karel Němec.