Farní kostel sv. Petra a Pavla v Soběslavi pochází ze 13.století (dnešní sakristie). Dodnes se dochovala zakládací listina, podle které lze přesně určit vznik kostela a kaplanství. Rožmberkové spolu se soběslavskými měšťany založili v roce 1367 nadaci pro stavbu nového kostela a založení kaplanství. Z vybraných peněz nechali vystavět k původnímu staršímu kostelu a kostelní věži kostel na novém, větším půdorysu.


Kostel byl vypálen husity a v roce 1485 byla postavena nejprve věž Benešem z Trhových Svin a Burianem z Tábora. Starou poškozenou klenbu v presbyteriu v roce 1491 strhli a pod vedením vrchního stavitele mistra Jakuba postavili novou, kterou dokončili v roce 1493. V letech 1499 až 1501 vystavili nové překlenutí dvoulodní kostela mistrem činným pravděpodobně v Bechyni. Pozdně gotický nádech získal kostel v roce 1516 po přestavbě kruchty Wendelem Roskopfem. Současnou vnější podobu kostela kostel definitivně získal v roce 1727 přistavěním kaple sv.Jana Nepomuckého. Kaple je vystavena v barokním stylu. Od 18. století do současnosti se podoba kostela již neměnila.


Fasáda věže je členěná horizontálními římsami. Vysoká okna v lodi jsou trojdílná s kamennými kružbami a v presbytáři jsou dvojdílná a trojdílná. Před východní stěnou se tyčí kamenný kříž, který má po stranách sochy sv. Jana Nepomuckého (po pravé straně, z roku 1863) a sv. Josefa (po levé straně, z roku 1759). Krucifix stojí na soklu z roku 1911.


Sakristie je sklenutá jedním polem křížové klenby a ve vnitřním pětibokém závěru paprsčitě. Z jehlancových konzolek vybíhají klínová žebra, která se protínají v terčových svornících s vegetabilními symboly (pětilistými růžemi, které jsou ve znaku Rožmberků). Kaple je sklenuta jedním polem křížové klenby s hruškovitým profilem žeber, která dosedají na jehlancové konzoly. Zde můžeme spatřit rožmberský symbol pětilisté růže.


Presbytář je zaklenut šestidílnou síťovou klenbou předhusitského milevského typu z roku 1493. V plochém závěru je klenba obkročná. Žebra jsou klínová a vybíhají z půlválcových přípor.


Koslel je dvoulodní, zaklenut výjimečnou sklípkovou klenbou vzorce čtyřcípé hvězdy se síťovými spojkami z přelomu 15. a 16. století. Tato klenba je nejspíše pod vlivem frantikánského kostela v Bechyni. Uprostřed je klenba podpírána dvěma štíhlými osmibokými pilíři s kruhovými a osmibokými sokly.


Kostel je vybaven pěti oltáři,které  jsou zasvěceny sv. Kateřině, sv. Petrovi a Pavlovi, Panně Marii, sv. Kříži a sv. Mikulášovi. Hlavní oltář sv. Petra a Pavla je vyzdoben sochami světců a obrazem z roku 1863 od Bedřicha Kamarýta. Při triumfálním oblouku jsou dva boční oltáře, Panny Marie z 18. století s pozdě gotickou sochou Madony, a svatého Kříže z roku 1781 s obrazem Ukřižování z roku 1658 a sochami světců.Kazatelnu roku 1493 vystavěl mistr Jakub.


V 17. století byla doplněna o řečniště a sošky evangelistů. V roce 1849 byla kazatelna zrekonstruována, dnes je i pozlacena.Cínová křtitelnice z roku 1501 je od kováře Jana z Nového Města pražského. Její podstavec tvoří tři zdobené nohy. Celá křtitelnice je zdobena nápisy, ornamenty a výraznými lidskými tvářemi.