Jednolodní románský kostel zasvěcený svatému Bartoloměji, jednomu z dvanácti apoštolů, je bezesporu nejznámější dominantou Prahy 14 a nejstarší dochovanou stavbou na území městské části. Mezi významné církevní památky patří i v celopražském měřítku.


Právě na místě, kde dnes stojí kostel a přilehlé budovy fary, se dříve rozkládala rozlehlá pole a zemědělské statky pražských biskupů.


Kostel svatého Bartoloměje dal pravděpodobně vystavět v pořadí dvacátý pražský biskup Jan II. mezi lety 1226 až 1236, jak dokládá nalezaný nápis v presbytáři kostela. Největší zajímavostí kostela jsou vzácné nástěnné malby v klenbě presbytáře a schodišť v obvodových zdech kamenné stavby.


Kostel byl postaven v románském slohu z pískovcových kvádrů jako tzv. tribunový kostel, tzn. vnitřní prostory byly rozdělené na prostor pro lid a vyvýšenou tribunu pro panstvo, resp. vlastníka dvorce, k němuž kostel patřil. Tribuna měla původně i vlastní vstup. Stavba fungovala patrně i jako útočiště pevnostního rázu, proto je kostel vybaven silnými zdmi s úzkými chodbami v síle zdi. Dříve měla věž za tímto účelem nejspíš i krytý dřevěný ochoz.


V období 1570–1743 byla správa kostela v Kyjích svěřena faráři novoměstského kostela sv. Jindřicha. Během 15. a 16. století zpustly okolní stavby, s nimiž kostel původně tvořil jeden celek, a bylo nutné vybudovat sakristii. Přistavěna byla na severní straně lodi.


V souvislosti s obnovením fary v roce 1743 následovaly stavební úpravy, byla zazděna středověká okna a proražena nová v podélných zdech (1758). Kazatelna se roku 1856 přesunula z jižní na severní stranu lodi kostela. V roce 1859 bylo nejvyšší, dřevěné patro věže upraveno do současné podoby. V letech 1973–89 proběhla oprava budovy, v roce 1984 byla dokončena oprava románských oken. V letech 1987–91 proběhla oprava interiéru.Křtitelnici pro kostel navrhl v roce 1845 architekt Josef Kranner.