Přerov nad Labem, na jehož území, na tzv. Bílé Hůrce bylo už v 8. století staroslovanské hradiště, je poprvé uváděn r. 1227. Jeho nejstarším doloženým majitelem byl královský podstolník Kojata z Hněvina Mostu, syn Hrabiše z Mostu, který Přerov r. 1227 odkázal svému panoši Konrádovi. U následujících držitelů Ranka z Přerova (r. 1266) a Matouše z Přerova (r. 1279) je již zřejmý určitý blízký vztah k břevnovskému klášteru. Do přímého vlastnictví  tohoto kláštera se Přerov dostal před rokem 1320. Toho roku totiž vymohl břevnovský opat Bavor z Nečtin od purkrabího Pražského hradu Hynka Berky z Dubé osvobození zdejších osadníků od všech břemen, povinností a platů k poděbradskému hradu. Vynětí Přerova ze závislosti na královských úřednících v Poděbradech a Sadské potvrdil roku 1328 i Jan Lucemburský.


Podle Dobroslavy Menclové zde klášter ke správě svého statku založil tvrz už v polovině 13. století a v posledním dvacetiletí 14. století – v době největší hospodářské prosperity církve – zde začal stavět nové správní sídlo, pozoruhodné svou rozlohou i prostorovým řešením. Měl to být téměř pravidelný obdélník o stranách asi 40 až 45 m, obestavěný obytnými křídly a obklopený vodním příkopem. Přístup byl na severu z poplužního dvora po dřevěném padacím mostě. Z celé dispozice bylo však postaveno jen jihovýchodní nároží s částí jižního a východního křídla. Obě křídla spojoval velký rohový sál s arkýřem, osvětlovaný velkými čtverhrannými okny s kamennými kříži. Na rohový sál směrem na západ navazovala řada valeně zaklenutých komor s úzkými okénky a na východě o něco užší křídlo, jehož místnosti měly většinou ploché stropy. Řada elipticky uzavřených gotických portálů, které se tu zachovaly přes pozdější přestavby, umožňují zařadit stavbu do okruhu stavební huti, činné v té době na stavbě kosterní věže v Nymburce.


Klášter zřejmě nestačil dokončit stavbu započatou kolem roku 1380, a proto rokem 1400 uložil novému nájemci Michalu Drštkovi ze Sedlčánek, aby stavení zachoval a opravoval. Stejnou podmínku si klášter kladl r. 1419, když s Petrem z Trkova směňoval Přerov za Bratkovice a Nabdín. Při této příležitosti je poprvé výslovné uvedena zdejší tvrz, k níž patřila dvě popluží, vinice a tři rybníky. Po Petrově smrti se Přerova zmocnil císař Zikmund a v r. 1437 jej zastavil Jindřichovi ze Stráže, jemuž povolil i přestavbu tvrze. K Přerovu tehdy náležela řada původně církevních statků. Jindřich ze Stráže si zřejmě chtěl zajistit pokojné držení nového majetku a spolu se svými syny Michalem a Jiříkem uzavřel r. 1457 zástavní smlouvu i s břevnovským klášterem. Po jeho smrti r. 1466 se stal pánem Přerova Jiří Strážský ze Stráže a z Přerova, nejvyšší soudce Království českého. Po Jiřího smrti získal sňatkem s jeho dědičkou Přerov nejvyšší kancléř Království českého Jan ze Šelmberka, který se od roku 1484 psal "na Přerově". Významně přispěl k povznesení a hospodářskému rozkvětu Přerova tím, že roku 1499 vymohl jeho povýšení na městečko s vlastním znakem, týdenním trhem a dalšími hospodářskými výsadami. Pokračoval také ve stavbě sídla, především tím, že rozšířil východní křidlo o nový dvorní trakt. Pokud lze z dochovaných fragmentů pozdně gotické omítky, portálků a ostění pozdně gotického okna soudit, vybudoval celý východní trakt do výše prvního patra a patro stavěl i v jižním křidle. Výška podlaží rohového sálu s arkýřem se však liší od výše podlaží v obou křídlech.


O poměrně velké rozloze a výstavnosti přerovského sídla svědči i to, že když Janův syn a dědic Jindřich ze Šelmberka, nejvyšší komorník Království českého, prodával r. 1524 přerovský statek spojeným obcím pražským, byl Přerov v kupní smlouvě poprvé označen jako zámek. Ke statku tehdy kromě městečka Přerova s poplužním dvorem patřila městečka Mochov a Nehvizdy a pět vsí. K zámku patřila polovina Labe s luhy a konečně i důvod pozdější císařské obliby tohoto sídla – lesy.


Po roce 1528, kdy Ferdinand I. rozbil dosavadní jednotu pražských měst, rozdělily se pražské obce mimo jiné i o přerovský statek. Po porážce prvního stavovského protihabsburského povstání roku 1547 byly tyto rozdělené součásti přerovského statku oběma městům pražským konfiskovány a vytvořeno z nich komorní panství přerovské, jež mělo vlastni správu v čele s hejtmanem. Prvním ze známějších hejtmanů byl roku 1560 Jan starší Robmháp ze Suché, pocházející ze staré rodiny původně usedlé v Českých Budějovicích. Z období jeho správy jsou doklady o opravách a přestavbách hospodářských budov i zámku.


Pracemi na Přerově byl pověřen zednický mistr Bonifác Wolmut, který 7. 5. 1560 k vyúčtování dosavadních prací na Brandýse, Přerově a Lysé přiložil i návrh na úpravu přerovského zámku. Na půdorysném plánku je uzavřená čtyřkřídlá budova cca 35 x 40 m s téměř čtvercovým nádvořím, na jižní a západní straně zúženým arkádami, k nimž v jihovýchodním rohu přiléhá široké schodiště o dvou odpočívadlech. Další schodiště je umístěno v severovýchodním rohu nádvoří. Východní křídlo zámku je téměř dvakrát širší než ostatní trakty. Okna a dveře jsou na tomto plánu vyznačeny jen v jižním a západním křidle, kde mělo být započato se stavebními úpravami, a dále v severovýchodním rohu nádvoří. Ve zprávě, k níž byl plán přiložen, upozorňoval Wolmut na špatný stav sklepních prostor ve východním křídle. Z Wolmutovy zprávy a plánku ve srovnání s dochovanými pozdně gotickými architektonickými prvky v prvním patře vysvítá, že buduje druhé patro jižního křídla, čímž vyrovnává výši východního křidla, jihovýchodního nároží a jižního traktu.


V roce 1560 měl Přerov podobu vcelku odpovídající původnímu stavebnímu záměru břevnovského kláštera z konce 14. století. Je také zřejmé, že nedílnou součástí objektu byly i hospodářské budovy, umístěné snad v severním křídle. Celá kompozice zámeckého objektu více odpovídá způsobu budování středověkých i renesančních tvrzí, nežli D. Menclovou uváděný stavební záměr břevnovského kláštera, vylučující z objektu uvnitř hradeb hospodářské budovy. Wolmutova zpráva dokládá i to, že se na Přerově pracovalo již před rokem 1560.


Současně se schválením prací Wolmutovi 8. 5. 1560 oznámil Ferdinand I. i ustanovení Ulrika Aostalliho ke stavbám a zámkům mimo Prahu. V r. 1563 začal na Přerově stavět Matteo Borgorelli, který tu ještě r. 1568 dokončoval stavbu nového zámeckého pivovaru. V této fázi stavebních úprav byly zřejmě i vyzdobeny zdi východního křídla sgrafity, jak svědčí nápis s letopočtem 1567 na dnešním severním nároží zapadní stěny východního traktu. V úpravách zámku i hospodářských budov se patrně pokračovalo průběžně dále a někdy v této době byl asi také zaklenut přízemní rohový sál s arkýřem, patrně po císařově rozhodnutí ponechat i v prvním patře sál stejné velikosti. Stavby se r. 1574 ujal Ettore de Vaccani, který zde pracoval až do r. 1605 s přestávkou v l. 1579–1581. R. 1582 už se pořizovalo vnitřní vybavení do císařských pokojů v severní částí východního křídla. V l. 1583–1584 se pracovalo na vyzdívání příkopu a zvyšování příkopové zdi, ale také se dělaly a předělávaly okenice k pokojům. R. 1585 byla nejnáročnější stavba mostu a "šneku novýho z pokojů Jeho Milosti přes přikop do obory bažantí". V dalších letech se pak úsilí soustředilo na stavbu nebo úpravy hospodářských objektů – pivovaru, starého mlýna, nového mlýna s pitou, dvora, vinice, chmelnice a rybníků.


Výsledkem všech těchto stavebních úprav byl tedy dvoupatrový renesanční zámek stojící na gotickém tvrzišti o půdorysu téměř pravidelného čtyřúhelníku o stranách 40 x 45 m. Ze všech stran jej obklopoval sypaný val s hradební zdi a zděný vodní přikop. Severní strana byla chráněna ještě druhým vodním příkopem. Původní padací most, vedoucí ze severu od vstupní brány, byl nahrazen mostem zděným na dvou obloucích. Dvoupatrové jižní a východní křidlo bylo spojeno patrovou stavbou zámecké kaple s presbytářem v arkýři a velkým rytířským sálem. Jihovýchodní nádvorní schodiště bylo podle Wolmutova návrhu zvýšeno věžovitou stavbou, v níž byly umístěny hodiny a zavěšen zvon. Zdi východního křídla byly zdobeny sgrafity. Mezi okny druhého patra a i dále v jejich úrovni nad okny prvního poschodí rohového sálu jsou dodnes figurální výjevy biblického i světského charakteru i scény, v nichž se oba motivy prolínají. Pod dějovou částí sgrafitové výzdoby se táhne podél celé fronty široký rozvilinový pás s vkomponovanými lidskými a zvířecími figurami. Od prvního patra až k příkopu byla stavba vyzdobena s grafitovou bosáží. V nádvorní části východního křídla se ve druhém patře s okny střídala sgrafitová arkáda, pod arkádou i okny byla stejnou technikou provedena balustráda. Od prvního patra opět jako na východní stěně sestupovala sgrafitová bosáž, která pokrývala i osmibokou věž. Nádvorní fasáda jižního a větší části západního křidla byla rozčleněna arkádami. V prvním patře východního křídla byl i byt zámeckého kaplana, severní část druhého patra zabíraly císařské pokoje. Starý pivovar a sladovna byly v severním křídle.


Císař Rudolf II. sice roku 1598 přikoupil k Přerovu Tlustovousy, ale čtyři vsi postoupil kounickému panství. Také jeho nástupce Matyáš zmenšil přerovský statek o další vsi, připojené k Brandýsu nad Labem. Zbytek přerovského panství, které bylo v 70. letech 16. století jedním z nejvýnosnějších komorních statků, přivtělil roku 1631 Ferdinand II. zcela k Brandýsu nad Labem. Častými průchody císařských i jiných vojsk během třicetileté války bylo brandýské panství s Přerovem tak vyčerpáno, že již počátkem r. 1632 stálo na pokraji zkázy. O tři léta později proto Ferdinand III. přerovskou část brandýského panství osvobodil od povinnosti ubytování vojsk. Podle zprávy z korespondence kardinála Harracha dovršili zkázu panství r. 1639 Banérovi vojáci, kteří vypálili císařské statky Benátky, Přerov a Lysou.

Po třicetileté válce se započalo nejdříve s obnovou hospodářství a vlastní zámek, jehož zdivo vykazovalo trhliny až k základům, opravován nebyl. Teprve roku 1671 provedl stavební písař Pražského hradu Ondřej Ferdinand Čermák odhad škod na zámku; oprav se ujal Santino de Bossi, který pracoval předešlého roku na obnově zdejšího dvora. Ještě z roku 1677 jsou dochovány zprávy o zřícení části zdiva "pod dřevěnou pavlači v zadním štoku". Následkem švédského drancováni se zřítilo nejen severní a zapadní křidlo zámku, ale nepodařilo se zabránit ani zřícení severní části východního křidla s císařskými pokoji, která ještě r. 1671 stála. Severní a západní trakt nebyl již nikdy obnoven, zříceniny císařských pokojů lze vidět dodnes. Několikaletými opravami, při nichž materiálem i lidmi vypomáhal poděbradský hejtman, se podařilo zachránit alespoň dodnes stojící část východního a jižního křídla. Kdysi výstavné sídlo pokleslo na pouhý lovecký zámeček.

Zámek, vydrancovaný i za nevolnického povstání roku 1775, stále více pustl. Roku 1848 zůstalo neporušeno pouze východní křídlo s vrchnostenskou kanceláří a křídlo jižní, adaptované roku 1841 na byty hospodářských zaměstnanců.

Svou renesanci prožíval přerovský zámek od r. 1860, kdy jej koupil arcikníže Leopold II., velkovévoda toskánský. Příznivý obrat nastal zejména od r. 1870, kdy po Leopoldovi nastoupil jeho syn Ludvík Salvátor, který se snažil zámek zrenovovat a vrátit mu podobu staročeského šlechtického sídla ze 16. století. Při renovačních a rekonstrukčních pracích v l. 1872–1873, prováděných zejména na východním křídle, byly zámecké budovy zpevněny masivními pilíři. V této době bylo také zčásti nově vybaveno východní křídlo, zčásti opraveno původní zařízení. Na severní zdi východního traktu byla vybudována dřevěná vyhlídková pavláčka.

Po Ludvíkově smrti koupil přerovský zámek císař František Josef I., po něm jej zdědil roku 1916 císař Karel. Po roce 1918 byl přerovský zámek spolu s ostatním habsburským majetkem zestátněn a pronajímán mezinárodní dívčí mládežnické organizaci YWCA. Roku 1943 koupil zámek německý lékař Faifar, který zde chtěl zřídit vodoléčebné sanatorium. V roce 1945 připadl zámek Fondu národní obnovy.

Povodní byla roku 1947 silně poškozena hradební zeď s vestavěnou barokní kapličkou sv. Jana Nepomuckého a musela být z bezpečnostních důvodů stržena s výjimkou zděné severní brány u mostu přes příkop. Roku 1948 se ujala východního křídla církev československá, která používala zámecké kaple již od r. 1922. Jižní trakt byl pronajat skladu nábytku, ten však budovu nadměrně zatěžoval. Roku 1958 dostal toto křídlo do užívání Československý rozhlas pro svůj ústřední archív. Roku 1982 se uživatelem celého objektu stal Československý státní rozhlas Praha.

V letech 1959–1960 byl zámek nákladem Krajského střediska památkové péče a ochrany přírody Středočeského kraje restaurován. Při tom byla objevena na části prvního patra východního průčelí a na schodišti i v interiéru jižního traktu pozdně gotická omítka, zdobená malovaným kvádrováním. Odkryto bylo i pozdně gotické ostění zazděného okna v severní zdi jižního křídla.

Do současnosti zůstalo z původního zámku zachováno jižní a východní křídlo se sgrafitovou výzdobou, porušenou na východní stěně mezi prvním a druhým oknem prvního patra nepravidelnou plochou se zachovanou pozdně gotickou omítkou. Oba trakty jsou zesíleny pilíři. Nádvorní fasáda jižního křídla je rozčleněna arkádovou soustavou o třech obloucích. Ploché oblouky obou vyšších pater jsou zasklené, přízemí je zazděno, v každém oblouku jsou však prolomeny dveře. Nad jihovýchodním schodištěm znatelně vystupujícím do nádvoří, je nevysoká osmiboká věž se stanovou střechou, zakončenou makovicí. Uvnitř je zavěšen zvon a bývaly zde hodiny. Z vnějšího jihovýchodního nároží vybíhá po celé výšce budovy obdélníkový arkýř, nad příkopem nesený mohutnými krakorci. Je zakončen stanovou střechou s čučkem. V přízemí východní části je vstup do sklepů, kdežto obytné prostory jsou přístupné po otevřených dřevěných schodech, přistavěných na severní straně ke vchodu do prvního poschodí. Interiér východního křídla je nejzachovalejší. Pozornosti zasluhují zejména dva gotické portálky v prvním patře, jeden sedlový a druhý ukončený lomeným obloukem, dále dřevěné kazetové stropy zdobené rozetami, vyřezávané intarzované dveře s uměleckým kováním, kamenné krby v obou patrech i dřevěné umělecky vyřezávané schodiště, spojující uvnitř budovy první a druhé poschodí. Místnosti jsou vybaveny dobovým nábytkem, pořízeným za Ludvíka Salvátora.

Jihovýchodní část zámku je rozdělena pouze do dvou podlaží. V přízemí je bývalá kaple sv. Salvátora s presbytářem v arkýři a nad ní rytířský sál s velkým krbem a zbytky loveckých trofejí. Uprostřed nádvoří je studna, na severu vede přes příkop zděný most o dvou obloucích, z nichž jeden je zazděn. Most vede ke zděné bráně, jež zbyla z původní hradby. Od západu je nádvoří uzavřeno zdí s vchodem do sadu.