Začlenění Moravy k přemyslovským Čechám v 1. polovině 11. století vyvolalo potřebu silněji opevnit nechráněný úsek hranice proti Východní marce (Rakousku). Starý velkomoravský hrad na Hradišti u Znojma nemohl již vyhovovat pokročilejšímu stylu středověkého válčení. Proto, přistoupila první přemyslovská knížata, ve znojemském údělu k výstavbě nového opevněného sídla.


K tomuto účelu byla vytipována skalnatá plošina strategického úzkého ostrohu, jenž se vypíná naproti Hradišti a kontroluje veškerý pohyb v údolí Dyje, Gránického údolí i na svažité pláni, kde dnes stojí město Znojmo. K dokončení první fáze výstavby hradu došlo patrně za vlády knížete Konráda Brněnského v 80. letech 11. století. Svojí polohou na jižní hranici Moravy představoval hrad „Znojem“ povinnou zastávku při veškerých diplomatických kontaktech mezi českým knížectvím a rakouskými oblastmi římskoněmecké říše. Roku 1100 se na hradě slavila svatba českého knížete Bořivoje II. a o čtyřicet let později, kdy zde seděl odbojný kníže Konrád Znojemský, zakusil hrad zničující obléhání vojsky Čechů. K opravě a další přestavbě hradu došlo v 2. polovině 12. století a na počátku 13. století, kdy na hradě sídlila první moravská markrabata Konrád Ota a krátce nato Vladislav Jindřich.


Hrad byl příkopem rozdělen na dvě části: vnitřní hrad s palácem a palácovou kaplí a rozsáhlé předhradí s budovami pro posádku hradu a centrální kaplí -  rotundou Panny Marie a sv. Kateřiny. Vstup do celého hradního areálu zajišťovala brána chráněná monumentální osmibokou tzv. Loupežnickou věží (na konci 19. století se vlivem dlouhodobé neúdržby zřítila). Po založení města Znojma Přemyslem Otakarem I. před rokem 1226 se hrad stal sídlem silné posádky a královského purkrabího. Hradní pevnost také byla zapojena do důmyslného systému celoměstského opevnění.


V 16. století se znojemský hrad stal dějištěm slavných moravských zemských sněmů – v roce 1535 zde moravští stavové přijali zemské zřízení (obdobu dnešní ústavy), které zůstalo v platnosti až do třicetileté války. Ústup Turků z Uher po roce 1683 měl za následek fatální pokles vojenského významu znojemského hradu. Císař Josef I. se proto zpustlé pevnosti roku 1710 zbavil. Předhradí získali znojemští měšťané, kteří zde záhy vybudovali pivovar. Vnitřní hrad lénem dostali pánové z Deblína, kteří staré budovy částečně zbořili a částečně přestavěli na barokní zámek.