Klášter vznikl na místě, kde již roku 1244 prokazatelně existovala sakrální stavba, s největší pravděpodobností rotunda sv. Desideria. Ta však byla nakonec zbořena roku 1737, aby ustoupila stavbě nového barokního chrámu. Augustiniánský klášter byl vystavěn na místě staršího klášteříka, který zanikl za husitských válek,  v letech 1731 – 1741 naproti zámku, na nejjižnější části zámeckého vrchu, Bartolomeem Scottim a dokončen byl Anselmem Luragem. Svažitý terén pod klášterem byl upraven na terasy osázené vinnou révou.


Budovy kláštera tvoří čtyři křídla, uzavírající obdélné nádvoří. Jižní průčelí kláštera se středním nízkým rizalitem má zámecký vzhled. Je obráceno do krajiny a umožňuje tak daleký výhled. Barokní souměrnost stavby jižního průčelí ruší hospodářská budova postavená v západní části průčelí místo původního barokního Luragova kostela (zbořený v r. 1891). Tříosý rizalit jižního průčelí kláštera je jednopatrový a převyšuje obě křídla budovy. Fasáda je zdobena rustikou. V oknech kláštera jsou mříže – v dolních částech zdobené čtyřlistovým ornamentem, v prostřední části se nachází tepaný listový ornament a v horní pak jsou mříže zdobeny geometrickým ornamentem – kruhy a elipsy, ze kterých vycházejí roztepané listy. Trojúhelníkový štít rizalitu je prázdný, bez ornamentiky. Na jeho vrcholu je osazena socha sv. Jana Nepomuckého, na nárožích štítu jsou dva andělé.


Východní křídlo kláštera stojí na svažitém terénu, a proto je v severní části jednopatrové, v jižní dvoupatrové. Středový rizalit je ukončen trojúhelníkovým štítem. Jeho střed je zdoben rostlinným motivem. Na vrcholu  je osazena socha sv. Augustína s knihou a berlou, která je zdobena v horní části čtyřmi listy a květem. Na rozích štítu jsou sochy stojících andělů. Všechny sochy, zdobící klášterní budovu, pocházejí z dílny J. A. Quitainera. V severní části východního křídla se nacházejí dveře s pískovcovou šambránou, jsou pobity plechem, na příražnici jsou zdobeny akantovými listy a je zde letopočet – 1731.


Severní křídlo kláštera je přízemní (původní ambit se zazděnými nádvorními arkádami), s pseudorenesanční branou uprostřed. Západní křídlo je přízemní a slouží jako hospodářské budovy .
Klášter bosých augustiniánů v Lysé neměl dlouhého trvání, i když nebyl zrušen josefinskými patenty. Dekret Františka II. z r. 1811 ukončil jeho činnost a mobiliář kláštera i klášterního kostela byl od r. 1812 postupně rozprodán. Do kostela Panny Marie v Mladé Boleslavi byla přemístěna kazatelna, 14 lavic a hlavní oltářní obraz od V. V. Reinera. Dalších 12 lavic bylo přeneseno do kostela sv. Jana Křtitele v Lysé a varhany do kostela sv. Havla v Rožďalovicích. Budova pak, podle donační listiny Františka Antonína Šporka, zakladatele kláštera, měla po odchodu augustiniánů připadnout zakladateli nebo jeho nástupcům. A tak se r. 1821 stali majiteli klášterní budovy Sweerts-Sporckové. Klášter byl využíván jako úřednický dům pro zámek a z kostela se stala kontribuční sýpka. V roce 1891 byl kostel na pokyn Bedřicha Josefa Leitenbergra zbořen a na jeho místě byly postaveny konírny a velký dvůr.

Nové majitelky lyského panství princezna Thurn Taxisová a Marie hraběnka Černínová prodaly zámek i s okolím Protektorátu Čechy a Morava. Po válce vše připadlo státu. Nejdřív zde sídlili váleční invalidé, v šedesátých letech pak byl na zámku zřízen domov důchodců a do kláštera umístěn Okresní archiv Nymburk, nyní Státní okresní archiv. Interiéry kláštera byly velmi citlivě upraveny. V bývalém refektáři – dnes badatelně a v knihovně byly restaurovány nástropní malby z r. 1741, které pravděpodobně zhotovil František Voget.