Strakonický vodní hrad leží levém břehu Otavy ve stejnojmenném městě. Hrad vznikl přestavbou původního sídla Bavorů ze Strakonic, jehož zbytky odhalil archeologický výzkum. O tom, že náleží mezi nejstarší šlechtické hrady rozhoduje i skutečnost, že se hrad spojil do svérázného celku s johanitskou komendou. Asi se jednalo o volbu řešení, jak obejít výlučně panovnické právo na stavbu hradu.


V roce 1402 se majiteli celého hradu stali johanité. V roce 1420 ho bezúspěšně obléhalo husitské vojsko pod vedením Jana Žižky z Trocnova. V roce 1449 zde byla ustanovena Strakonická jednota proti Jiřímu Z Poděbrad. V 15.století, po přemístění  hlavního konventu z Prahy, byl hrad upravován a rozsáhlé přestavby se dočkal za komtura Jana z Rožmberka.


V 16. století byl renesančně přestavěn, jako sídlo velkopřevorů. Za třicetileté války ho vyplenila švédská vojska. Další rozsálé proměny proběhli v 18 a 19. století. Hrad byl majetkem johanitů až do roku 1925. Nešťastné úpravy v letech 1939-1940 zničily prakticky celé severní křídlo.


Původní podlouhlá dispozice hradu se skládala ze dvou samostatných celků. Východně byla johanitská komenda. Její malé nádvoří bylo opatřené klenutými ambity, na severní a západní straně byla dvě křídla, v západním s kapitulní síní. Kromě kleneb se dochovala i románská rozeta s bobulemi a krásný románský portál.Na jižní straně byla hradba a na východní kostel sv.Vojtěcha.Druhé nádvoří obklopuje starý i renesanční palác, západní hradba s věží Rumpál a bývalé purkrabství. Na třetím nádvoří u řeky jsou hospodářské budovy a západní brána.


Dnes v areálu sídlí Muzeum středního Pootaví, římskokatolická farnost sv. Prokopa, Šmidingerova knihovna a Základní umělecká škola.

Od roku 1995 je areál strakonického hradu prohlášen za národní kulturní památku.