Proslulá augustiniánská kanonie  v Třeboni poznamenala dějiny města a zařadila se k předním centrům středověké vzdělanosti a umělecké tvoby na českém jihu.Se stavbou kostela sv. Jiljí se započalo v 2. polovině 13. století. Dne 22. května 1368 přišli do Třeboně na žádost Rožmberků Augustiniáni a ihned se dali do stavby kláštera a přestavby kostela na kostel klášterní. Do roku 1380 byla hotová křížová chodba s kaplí sv. Jana Křtitele a kostel. Kostel je postaven ve stylu vrcholné gotiky a zůstal ve stavu stavební neporušenosti až dodnes.


Souboru budov někdejšího augustiniánského kláštera dominuje kostel s vysokou věží v západním  průčelí. Prostá zevní tvář kostela, i když dokonalých proporcí, málo vypovídá o vnitřním prostoru dvoulodí, otvírajícího se na východě do presbytáře. V podélné ose dvoulodí se zdvihají čtyři sudtilní sloupy, z nichž vybíhají klenební žebra usazená na usazená v obvodových stěnách na jemných, neskutečně vysoko umístěných konzolách. Tímto rozdělním vzniklo pět párů klenebních polí, první a poslední je sklenut obkročnými klenbami, zatímco v ostatních polích jsou klenby křížové.Mimořádným kamenickým dílem jsou portálky dvoulodí.


Hlavní oltář je barokní se zabudovanou renesanční sochou Sv. Václava v presbytáři vpravo nahoře. Poblíž se nacházejí náhrobní desky některých členů Rožmberského rodu, kteří jsou v presbytáři chrámu pohřbeni.Řada menších barokních oltářů je nejen po obou stranách kněžiště, ale i u jižní a severní stěny chrámového dvojlodí. Na severní stěně severní lodi sousedící s ambity zaujme renesanční obraz Kristova utrpení o výšce osm metrů. V kostele se nalézá u jednoho z hlavních nosných pilířů klenby dvoulodí gotická socha třeboňské Madony z roku 1400. Zbytky impozantního gotického deskového oltáře Mistra Třeboňského se nyní nachází v Národní galerii v Praze.


V roce 1723 vypukl v Třeboni požár, který zničil téměř celé město a poškodil také kostel. Zřítila se klenba v presbytáři a požár zničil interiér kostela. Požár přečkaly fresky a socha Třeboňské madony. Nové řešení interiéru po požáru bylo svěřeno vídeňským umělcům P. Koeckovi (presbytář s hlavním oltářem) a J. N. Rottmayerovi (vlastní prostor kostela). Vídeňští umělci splnili svůj úkol na výbornou. Interiér kostela tvoří jednotný architektonický celek, který se stal vzorem pro další rožmberské stavby. V roce 1997 na žádost farnosti byl titul kostela papežským dekretem rozšířen na kostel Panny Marie Královny a sv. Jiljí.