Rotunda byla postavena na dominantním místě uprostřed nového hradu někdy krátce před rokem 1100. Archeologický výzkum v letech 1987 - 1989 a následný průzkum stavebně historický vyloučily hypotézy o velkomoravském původu stavby. V době stavby znojemského hradu vzniká i poměrně velké předhradí, zárodek budoucího města, a na jeho nejvyšším pahorku byl založen chrám sv. Michala. Právě jemu byla nová hradní kaple (rotunda) filiálně podřízena. Osudy znojemské rotundy ovlivnily také složité vztahy mezi členy dynastie Přemyslovců v 1. polovině 12. století. Vládnoucí český kníže Soběslav I. zprostředkoval Konrádovi II. Znojemskému za nevěstu Marii, dceru srbského vladaře Uroše, sestru uherské královny. Při této příležitosti došlo patrně roku 1134 k úpravě rotundy a k uvedení nového patrocinia sv. Kateřiny.
Původně byla svatyně zasvěcena Zvěstování P. Marie, jak to dokládá také gotický latinský nápis, objevený při restaurování maleb v roce 1949 ak. mal. Františkem Fišerem. Od 13. století je rotunda označována jako panovníkova kaple, regia capella - "královská kaple". Král Jan Lucemburský oprávnil roku 1320 hejtmana Jindřicha z Lipé disponovat patronátem ke kostelu sv. Michala a hradní kapli sv. Kateřiny a ještě ve stejném roce získaly tento patronát z Jindřichovy vůle znojemské klarisky od Matky Boží, kláštera na předhradí. Roku 1555, v rozvolněné době reformace a úpadku kláštera klarisek, nabylo uvedený patronát město Znojmo. Konec rotundy jako královské kaple nastal v roce 1710, kdy císař Josef I. prodal celou přední část znojemského hradu městu Znojmu, které zde založilo právovárečný pivovar. V roce 1861 přešel pivovar do soukromých rukou (Maural), čímž byl pohnutý osud rotundy dovršen. Sloužila za skladiště dřeva, chlév pro vepře, pivnici s tančírnou a košíkářskou dílnu.
Teprve v 60. létech 19. století upozornil na význam rotundy kustod tehdejšího Františkova muzea v Brně Mořic Trapp. Po delších průtazích, až v létech 1891 - 1893 obnovil malby vídeňský restaurátor Theofil Melicher. Po obsazení českého pohraničí nacistickým Německem v roce 1938 v rotundě krátce restaurátorsky pracoval dr. Walliser z Vídně, který však po částečném odkryvu originálu přemyslovského cyklu z politicky motivovaného rozhodnutí tehdejší znojemské radnice práce záhy ukončil.
Další restaurování tohoto vzácného výtvarného díla zajistil až po roce 1945 Státní ústav památkové péče a správce památky - Jihomoravské muzeum ve Znojmě. V létech 1945 - 1949 zde prováděl rozsáhlé restaurátorské práce ak. mal. František Fišer. Další etapu zahájil roku 1965 znojemský rodák ak. mal. Oldřich Míša a pokračovali v ní v létech 1969 - 1973 restaurátoři Pavel Lorek, Jaroslav Alt a Alois Martan. Oba posledně jmenovaní konzervovali malby v roce 1988.
Říp je nejpamátnější českou horou
Podle webu Jihomoravského muzea ve Znojmě