Kostel Archanděla Michaela v Křemži byl pravděpodobně postaven již koncem 13. století. Z archivních dokumentů kláštera Zlatokorunského se dovídáme, že v r. 1351 zde působil plebán Theodoricus (farář Dětrich). V době husitských válek se na Křemežsku ujalo také učení Husovo, protože Jan Smil z Křemže byl jeho horlivým stoupencem a je pravděpodobné, že také na faru byli dosazováni kněží podobojí. Jako první katolický kněz se uvádí v r. 1568 farář Georgius (Jiří). Vystřídalo se zde několik kněží, až v roce 1596 povolal do Křemže kněze z krumlovské jezuitské koleje Jan Častolar, který byl regentem krumlovského panství. V době pobělohorské bylo v Křemži časté střídání kněží a často byla Křemže pro nedostatek kněží v tehdejší době spravována okolními faráři. Náprava poměrů ve farnosti nastala, když v r. 1678 koupil Chlumeček klášter Zlatá Koruna, kterému tím také připadlo právo patronátní ke kostelu v Křemži a k dosazování kněží. Od té doby až do zrušení kláštera Josefem II. v roce 1785 zde působili cisterciáci.


Z pozdějších kněží je významný horažďovický rodák Antonín Matějovský, který zde působil od r. 1861 dlouhých 36 let a zasloužil se o založení a soustavné vedení farní kroniky. Zásluhu o postavení současného kostela má P. Tomáš Pfauser, který zde byl kaplanem v letech 1865-1872 a pak zde nastoupil jako farář od r. 1883 do r. 1899. Na křemežském hřbitově jsou pohřbeni ve společném hrobě P. Jakub Kocábek "poutník Jeruzalémský a Lurdský" a P. Josef Kníže, vzorný a všemi vážený kněz, pronásledovaný a vězněný komunistickým režimem. Za něho byla poprvé po desetiletích provedena oprava kostela, ve které pak pokračoval jeho nástupce P. František Hranáč.


Nejstarší část kostela je dnešní Sakristie - původní kaple pravděpodobně z konce 14. století, ke které byl v roce 1470 přistaven presbytář, dodnes zachovaný v původní gotické podobě. To bylo za pánů Dubenských z Chlumu, jak to dosvědčuje jejich rodový znak na svorníku žebrové klenby. K němu dal v roce 1557 Jan Častolar z Dlouhé Vsi, první z pánů Dubenských, přistavit chrámovou loď. Jeho nástupce Alexandr Častolar pořídil v letech 1609-1614 pro kostel nové oltáře a rovný táflovaný strop. Kostel měl dvě kamenné věže, na nichž byly zavěšeny tři velmi krásné zvony. Kolem kostela byl hřbitov, podle popisu z roku 1678 ohrazený vysokou zdí.


Prejzová kostelní krytina však za 100 let byla již tak chatrná, že krov i klenba trpěly, zvláště klenutí nad sakristií se nedalo víc opravit a muselo být sejmuto a nahrazeno novým.Došlo tak k nenahraditelné škodě, neboť sakristie sama je vůbec původní kaplí. Svědčí o tom gotický portál, který je původním vchodem do kaple od západní strany (je zazděný v místech dnešního elektrického rozvaděče), zazděné konzole žeber v rozích sakristie a silné původní románské zdivo. V minulých generacích se také dlouho udržoval název "kaple" místo sakristie.

Chrámová loď byla dlouhá jen 14,52 m a široká 8,84 m, takže při vzrůstajícím počtu farníků nedostačovala a k částečnému rozšíření prostoru došlo v r. 1826 vnitřní úpravou a přístavbou komory za oltářem. Když ale v r. 1875 začal být strop chrámové lodi nebezpečný tak, že musel být podepřen, začalo jednání o postavení nového kostela.


Se stavbou bylo započato r. 1885 a nový kostel byl vysvěcen 23. října 1887. Je ve slohu pseudogotickém, projektovaný schwarzenberským architektem. Chrámová loď, napojená na původní gotický a zachovalý presbytář má rozměry 21 x 14,25 m.


Do dějin Křemže se zapsal první majitel panství Jan Častolar postavením Kaple sv. Voršily v r.1550 a v r.1557 postavením nové chrámové lodi kostela. Podle Soupisu památek okresu českokrumlovského byl na jeho náhrobku nápis: "Leta Panie 1560 w autery przed sw. Duchem umrzel gest urozeny pan Jan Czastolar z Dlouhe Vsi a na Chlumu a gest tuto pochowan. Nad jeho dusí Pan Buh racz se smilowati." Tento náhrobek je nyní umístěn v komoře za hlavním oltářem po pravé straně již bez nápisu, který byl časem sešlapán. Představuje v žule krásně vytesaného rytíře v celé postavě, který se pravicí opírá o štít se znakem rodu, levicí o meč. U nohou má železné rukavice s helmicí.


Protější náhrobek v této komoře patří Marianě Johanně Kořenské, manželce Lukáše Kořenského na Újezdě. Čitelný je zde nápis jejího úmrtí 20. duben 1657. Ostatní je jen z části čitelné. Zcela nečitelný je nápis na náhrobním kameni, který je zasazen v podlaze kostela poblíž jižního bočního vchodu. Znatelný je pouze kotouč - znak rodu Častolarů. Z ostatních pohřbených se uvedený Soupis památek zmiňuje dál jen o Maruši z Brloha, věrné služebné (nebo manželce) Jana Albrechta Častolara, která zemřela 25. dubna 1596 a byla pochována blíže kazatelny. V r. 1604 byl zde pochován regent Viléma z Rožmberka rytíř Častolar Dlouhoveský z Dlouhé Vsi. Oldřich Častolar měl zde také náhrobek s nápisem a datem úmrtí 21. července 1609. Roku 1631 byl zde pochován Rudolf Častolar, syn Jindřichův, v r. 1643 Leopold Častolar (v hrobce) a téhož roku jeho starší bratr Jindřich byl pochován mezi kazatelnou a prvními lavicemi.Před bočním oltářem je cínová křtitelnice z r. 1637 s českým nápisem, že byla pořízena Janem Albrechtem Častolarem.

Když byl kostel v letech 1885 - 1887 přestavován do nynější podoby, byly ostatky Častolarů uložené v rakvích pod podlahou bývalého kostela exhumovány a uloženy do nových rakví do zděné krypty před hlavním oltářem za pietních smutečních obřadů.