Kostel sv. Jana Křtitele v Zátoni je doložen již v 11. století. Ve středověku byla ke starší stavbě neznámé podoby připojena sakristie. Kolem 1485 začala stavba kněžiště dokončena 1491 (datace na klenbě). Kolem 1510 (zmizelá datace na štítu lodi) budována loď, dokončena před 1517 (datovaná okenní vitráž). 1928 renovace, 1976 – 1977 generální oprava, 2003 – 2006 oprava interiéru. Zátoň patřila benediktinskému klášteru v Ostrově u Davle, který proslul jako nejbohatší v Čechách a byl zničen na počátku husitských bouří.


K roku 1310 je při kostele v Zátoni doložen malý klášter s proboštstvím. Byl zrušen v roce 1491. Po roce 1490 byla zřejmě na starších základech postavena pozdně gotická stavba zaklenutá r. 1510. Střecha a hranolovitá věž byla opravena v roce 1890 (další oprava z r. 1928). Pětiboký presbytář má nepravidelný půdorys, proto je na severní straně klenba zakončena na krakorcích. V lodi zajímavá síťová klenba s přetínajícími se žebry. Světlo proniká okny s původními gotickými kružbami. Kruchta je nesena třemi hrotitými oblouky na dvou osmibokých pilířích a podklenuta rovněž síťovou klenbou s klínovými žebry. Z jižní předsíně vede do lodi sedlový portál s bohatě profilovaným ostěním. Stočené kamenné pruty přetínající svislice dodávají pravidelnému členění zvláštní dynamiku. Vpravo u dveří gotický sloupek na almužny. Rovněž vchod ze západního průčelí je rámován sedlovým portálem.


Ze zátoňského kostela pochází gotický křídllový oltář - Zátoňská archa - uložená v Národní galerii v Praze. Madona na půlměsíci z poč.16. století je v Alšově jihočeské galerii na Hluboké. Z gotické éry kostela se dochovala oltářní menza (stůl), sanktuář a křtitelnice (kotel a víko má barokní).Původní zařízení kostela před jeho vykradením v 90. letech 20. století obsahovalo cenný barokní oltář z konce 17. století s obrazenm Kristův křest. Dále soubor vzácně dochovaných svícnů ze 16.století a dva mosazné svícny ze 17. století.


Dva protilehlé boční oltáře - sv. Šimona a Navštívení Panny Marie pocházejí z 1. pol, 18. století (1730 - 1740). Oltář P. Marie nesl obraz C. Philippota z r. 1848.


Intarzovaná kazatelna je zdobena kvalitní řezbářskou prací - reliefy evangelistů. Naproti pod baldachýnem socha sv. Antonína Paduánského z 1. pol. 18. století.Kostel zdobil i soubor šesti barokních soch: sv. Florián, sv. Donát, sv. Anna, sv. Vavřinec, sv. Jan Nepomucký a sv. Linhart (tento světec byl v kraji ctěn jako patron pastýřů a ochránce dobytka).


Obrazy křížové cesty od R. Čurna z pol. 19. století. Funkční varhany potřebují celkovou rekonstrukci. V předsíni je pět náhrobníků : Paul Perringer, Antonín Pumerl, páter Ludovik Čížek (severní strana jižní předsíně).