Nejvýznamnější památkou Mlýnů v okresu Tábor je kostel sv. Kateřiny s dosud používaným hřbitovem a okolní hřbitovní zeď. Kostel se nachází na malém návrší v horní části obce. Jedná se o jednolodní, původně gotický kostel z poloviny 14.století, na jehož třech oknech se zachovaly původní gotické kružby. První zmínka je z roku 1379, kdy bratři Petr, Oldřich a Jan z Rožmberka, majitelé panství Choustník, určili, že choustnický farář a jeho nástupci mají i ve Mlýnech držet sídelního kněze. Roku 1402 oddělil pražský arcibiskup filiální kostel ve Mlýnech od kostela v Choustníku a povýšil jej na farní. V roce 1406 daroval kostelu kněz na Příběnicích 7 kop grošů roční činže, za což měl mít farář ve Mlýnech k sobě druhého řádného kněze.


Fara se nacházela v současném č.26 a s kostelem byla spojena chodbou. Za husitských válek byl pravděpodobně zpustošen a pobořen a musel být roku 1609 z gruntu obnoven a věž nově vystavena. Tuto obnovu zajistil a financoval rytíř Jiří Homút z Harasova na Radeníně, Choustníku i Bělé pán. Potom pravděpodobně sloužil jako filiální kostel kostela choustnického.


Původně gotický kostel z poloviny 14. století přestavěn r. 1609, opraven v r. 1957. Jednolodní kostel s pravoúhlým závěrem a s hranolovou věží na jihu má prostý exteriér, v interiéru dochovány zděné a dřevěné konstrukce a prvky (klenby, kružby oken). Původem snad ještě raně gotický kostel je významným dokladem osídlení a struktury farní správy na Táborsku.


Hodnotné architektonické detaily kněžiště – kružbová okna, žebrová klenba a sanktuář dokládají významnou stavební úpravu kostela ve 14. století. Hřebínková klenba sakristie připomíná stavební zásahy v 16. století. Kostel prošel také barokní úpravou, která dala stavbě a jejímu plášti konečnou podobu a zachovala se dodnes. Kostel je významným architektonickým a urbanistickým prvkem, který utváří dálkové pohledy na sídliště, stejně jako charakter vnitřní zástavby. Stavba je významným a dobře dochovaným příkladem církevního stavitelství několika století a slohů, které spolu vytvářejí vyvážený a hodnotný celek.


Na oltáři je uveden letopočet 1708. Roku 1730 zaopatřila paní Marie Constancie Voračická pro Mlýnský kostel dva zvony. Za první světové války byl menší zvon vojáky odvezen. Druhý byl odvezen za druhé světové války, a na rozdíl od prvního, se vrátil krátce po skončení války, kdy byl slavnostně zavěšen a znovu vysvěcen.

Nové varhany byly pořízeny roku 1896. O dva roky později byly instalovány nové věžní hodiny, které byly vyměněny v roce 1995.